内部部局

長官官房

秘書課・総務課・宮務課・主計課・用度課と宮内庁病院があります。
このほか，審議官，宮務主管，皇室経済主管，皇室医務主管などを置き，秘書課に調査企画室，総務課に報道室が置かれています。

秘書課

皇室会議に関すること及び皇室制度の調査統計のほか，公文書の接受発送，文書の審査進達，官報掲載等の文書事務並びに職員の人事，給与，保健及び福利厚生に関することを担当しています。

総務課

行幸啓に関すること，災害に対するお見舞い金，優良社会事業団体等に対する事業奨励金などの賜与，献上品の受納，拝謁，午さん，お茶等，新年・天皇誕生日の一般参賀，報道に関すること，広報に関すること及び皇居・赤坂御用地の勤労奉仕作業に関することを担当しています。

宮務課

常陸宮，三笠宮，高円宮の各宮家に関する事務を担当しています。

主計課

経費及び収入の予算，決算及び会計，皇室経済会議並びに会計の監査に関することを担当しています。

用度課

備品，消耗品，営繕用資材，器具等物品の管理及びその検査並びに三の丸尚蔵館に関することを担当しています。

宮内庁病院

天皇・皇族のご診療を行う病院であり，併せて宮内庁職員その他一般の患者の診療も行っています。

侍従職

侍従長の統括の下に，侍従次長・侍従・女官長・女官・侍医長・侍医などの職員が，天皇皇后両陛下・敬宮殿下の直接お身近のことを担当し，御璽・国璽を保管しています。

上皇職

上皇侍従長の統括の下に，上皇侍従次長・上皇侍従・上皇女官長・上皇女官・上皇侍医長・上皇侍医などの職員が，上皇上皇后両陛下の直接お身近のことを担当しています。

皇嗣職

皇嗣職大夫の統括の下に，皇嗣職宮務官長・皇嗣職宮務官・皇嗣職侍医長・皇嗣職侍医などの職員が，秋篠宮皇嗣同妃両殿下・眞子内親王殿下・佳子内親王殿下・悠仁親王殿下の直接お身近のことを担当しています。

式部職

式部官長の統括の下に，儀式のことを総括する式部副長が置かれ，その下の式部官が儀式，雅楽・洋楽，鴨場接待に関することを担当しています。雅楽・洋楽は楽部が扱っています。また，外事を総括する式部副長が置かれ，その下の式部官以下が外国交際に関することを担当しています。

書陵部

書陵部長の統括の下に，図書課・編修課・陵墓課と多摩・桃山・月輪・畝傍・古市の5つの陵墓監区事務所があります。また，図書課に宮内公文書館と図書寮文庫が置かれています。

図書課

皇統譜の調製，登録及び保管，皇室伝来の古文書など図書及び記録の保管，修補，出納及び復刻，宮内庁関係の保存文書の編集及び保管，国立国会図書館支部宮内庁図書館及び正倉院に関することを担当しています。

編修課

歴代天皇及び皇族の実録の編修，『皇室制度史料』その他の図書及び記録の編修に関することを担当しています。

陵墓課

陵墓の管理，調査及び考証に関することを担当しています。

陵墓監区事務所

各地方に散在する陵墓等を，多摩監区，桃山監区，月輪監区，畝傍監区及び古市監区の５監区に分け，各監区ごとに事務所を設けて管理しています。

管理部

管理部長の統括の下に，管理課・工務課・庭園課・大膳課・車馬課・宮殿管理官と那須・須崎・葉山の3つの御用邸管理事務所・皇居東御苑管理事務所があります。

管理課

宮内庁所管の国有財産（皇室用財産及び公用財産）の管理，皇居その他の参観，工事の監査，防疫，消毒その他の衛生，庁舎の清掃整備及び御料牧場に関することを担当しています。

工務課

宮内庁所管の国有財産について，その新営，維持に必要な建築，土木，その他の工事及び水道，電気，ガスその他の設備に関することを担当しています。

庭園課

庭園，園芸及び樹林に関することを担当しています。

大膳課

宮中行事の際に饗宴，茶会などのほか，天皇陛下，上皇陛下及び内廷にある皇族方等の日常のお食事についての供進及び調理に関することを担当しています。

車馬課

自動車，馬車及び馬に関することを担当しています。

宮殿管理官

宮殿の管守，布設等宮殿の運営の管理に関する事務を担当しています。

御用邸管理事務所

那須御用邸，須崎御用邸及び葉山御用邸の管理に関する事務を担当しています。

皇居東御苑管理事務所

皇居東御苑の管理に関する事務を担当しています。

施設等機関

正倉院宝物・聖語蔵経巻の保存管理などを行う正倉院事務所と牧畜などを行う御料牧場があります。

正倉院事務所

正倉院宝物及び聖語蔵経巻を保存管理するとともに，それらの調査，研究，整理，修補及び復元模造を行うほか正倉，聖語蔵，東西両宝庫等の建物及び土地の管理などを担当しています。

御料牧場

皇室の用に供する家畜の飼養，農畜産物の生産及びこれらに附帯する事業を担当しています。

地方支分部局

京都事務所が置かれ，京都御所・京都大宮御所・京都仙洞御所・桂離宮・修学院離宮と桃山・月輪・畝傍・古市各陵墓監区内の陵墓地などの国有財産の管理等の事務を担当しています。